大会期間中、パリ市内のセーヌ川を競技場とするトライアスロン及びマラソンスイミングの計５種目が実施された。
14世紀に整備が始まったパリの下水道網は雨水と生活排水が混ざり合う「合流式」が多く、排水が流れ込むセーヌ川は約100年に渡り、水質汚染を理由に遊泳が禁止されてきた。
大会実施にあたってフランス政府は総額14億ユーロ（当時のレートで約2300億円）をかけ水質改善を試みたが、雨による大腸菌の増加が懸念されたほか、腸球菌の許容値が越えたことが調査で分かり、競技の公式練習中止や開催延期を引き起こした。
結果的に全種目が実施されたものの、選手の中にはレースの前や途中で棄権、終了後に嘔吐、水質との因果関係は不明ながら入院する者も現れた。